У цій частині ми знову повертаємося до історії життя Місаки Мікото та її подруг. Місака Мікото, одна з десяти найсильніших есперів Академмістечка, еспер п'ятого рівня, дізнається про страшні експерименти, внаслідок яких гинуть тисячі есперів. І не просто есперів, а її власних клонів, на створення яких вона несвідомо погодилася ще багато років тому. Обтяжена почуттям провини, Місака починає боротися проти нелюдських експериментів і дуже скоро через це накликає на себе гнів найгрізніших та найтаємніших сил свого ж міста.