Продовження історії Такаші Нацуме, який з раннього дитинства мав здатність бачити духів. Нацуме разом зі своїм вірним і пухнастим охоронцем Нянько продовжує повертати імена з «Записника дружби» своєї бабусі Рейко, дізнаючись все більше і більше про її незвичайне життя, а заодно все глибше і глибше занурюючись в таємничий і таємничий світ йокаїв, який існує непомітно для інших людей і часом, як часто виявляється, тісно перетинається з ними.