Після Другого удару все, що залишилося від Японії - це місто Токіо-3, на який постійно нападають гігантські істоти, які прагнуть знищити людство, звані Ангелами. Сіндзі Ікарі, який не бачив свого батька протягом трьох років, отримує від нього телефонний дзвінок з вимогою негайно прийти в штаб-квартиру Nerv, організації, що виступає проти Ангелів. Для боротьби з Ангелами Нерви використовують гігантських роботів під назвою Євангеліони. Завдання Шінджі - пілотувати Eva-01 і працювати в команді з пілотом Рей Аянамі.