Події відбуваються в паралельному світі зі світом «Бойової ночі», в якому Великий Грааль таємничим чином зник з Фуюкі після Третьої війни Святого Грааля. Через багато років клан магів Yggdmillennia відкрито заявляє про свій вихід з Асоціації магів і про те, що саме в їхніх руках знаходиться Грааль. Тим часом у місті Тріфас дві протиборчі сторони стикаються в битві за право володіти священною реліквією. Чорна Фракція, членами якої є маги з родини Іґґдмілленій, і Червона Фракція — найманці, послані Асоціацією, щоб повернути Ґрааль. По обидва боки по сім слуг і сім панів. Сам Грааль викликає слугу класу Правителя як спостерігача за конфліктом. Це знаменує собою початок Великої війни Святого Грааля.