Блек Джек - неліцензований лікар з туманним, таємничим минулим. Він працює зі своїм маленьким помічником Піноко, займаючись маловідомими, дивними і незрозумілими медичними випадками. Але він геній і може врятувати життя практично будь-якому зі своїх пацієнтів (якщо у них є на це гроші), і він досить відомий у всьому світі, особливо серед лікарів і вчених. Сам він людина науки і не схильний вірити тому, чого не бачив особисто, але багато разів стає свідком дивовижних подій, які неможливо пояснити науково.