Головний герой мультфільму – четвертокласник Аояма. Хлопець веде спеціальний щоденник, куди занотовує усі свої відкриття та досліди. Якось у його рідному місті, що знаходиться доволі далеко від узбережжя, дивним чином з’являються пінгвіни. Тема напрочуд добре вписується у коло його дослідницьких інтересів. Та найбільш вражаючим є зовсім не це. Поблизу міста виникає океанічна сфера. З точки зору науки, чи бодай здорового глузду, пояснити її появу вкрай важко. Аояма рішуче береться розгадати значення усіх цих дивовижних подій. На цьому шляху його чекатиме небезпека. Та у разі успіху він не лише врятується сам – йому випаде нагода вплинути на долю усього світу. Режисером «Таємного життя пінгвінів» був Ішіда Хіроясу. Для нього це перша робота на великому екрані після багатьох короткометражок, але цей фільм порівнюють з роботам легендарного Хаяо Міядзакі. Над сценарієм працювали досвідчені Макото Уеда та Томіхіко Морімі.