Стосунки між Академмістечком та магами стають все більш напруженими. Каміджьо Тома змушений і далі захищати своїх друзів від обох сторін таємничою силою своєї правиці, яка здатна стирати будь-яку паранормальну силу. У цій боротьбі він не сам: допомагати йому будуть старі та нові союзники. Певний Магічний Індекс 2 – продовження історії боротьби між наукою та магією, і цього разу сторони повільно, але неуникно наближаються до війни.