Решта Соніка і Тейлза перериває тривожна новина: доктор Еггман взяв у заручники дочку президента. Тепер на прохання лиходія їм належить відправитися в Еггманленд і зупинити Дарка Еггмана, його роботизовану версію, і запобігти вибуху вийшов з-під контролю генератора, здатного знищити всю планету.