Анна Сасакі - відлюдна дівчина, у якої немає друзів. Вона живе з прийомними батьками, страждає на астму і любить малювати. Зрештою Анна переїжджає в невелике провінційне містечко, щоб зупинитися у Кійомаси і Сецу Ойви, родичів Йоріко, прийомної матері дівчинки. Але все не так нудно і одноманітно, як може здатися на перший погляд! У містечку є таємнича садиба «Будинок на мілині», яка постійно привертає увагу Анни. Незабаром героїня знайомиться з Марні, яка живе в цьому прекрасному будинку. Дівчата швидко стають друзями, але одного разу Марні зникає, і в будинок переїжджають нові господарі - сім'я Саяка. І тут Анна починає дізнаватися щось нове і дивне про свою подругу.