Після подій другого фільму Сіндзі Ікарі прокидається через 14 років. Він не розуміє, що відбувається, але поступово йому відкривається лякаюча правда. В результаті Шінджі доведеться знову битися з Ангелами з несподіваними союзниками, долаючи опір колишніх друзів. І знову доля викине його на авансцену війни і змусить прийняти рішення за все людство. Що він вибере цього разу?