Bakugan Interspace - це система віртуальної реальності, де гравці можуть битися один проти одного та брати участь у турнірах. Спочатку розроблена для практики та вдосконалення навичок бакуґанів, вона швидко стала місцем зустрічі для багатьох ентузіастів. Під час одного з поєдинків Ден Куcо зазнає аварії Інтерпростору, і опиняється в нокауті. Перш ніж прийти до тями, він знову бачить видіння, де бакуґани воюють один з одним. Вибух енергії, що супроводжував бій Дена і спричинив відключення системи, посилає ударні хвилі по всій галактиці, привертаючи увагу Дванадцяти Орденів, ґундальської організації. Вони проникають у Міжпростір бакуґанів, шукаючи сильних воїнів, які приєднаються до них у майбутній війні з іншою інопланетною расою - неатіанцями. Ден та його супутники - Кадзамі Шюн та Марукура Чьоджі - незабаром опиняються втягнуті у позаземну війну. Однак, як би далеко це не здавалося, конфлікт загрожує самому суверенітету Землі та майбутньому раси бакуґанів.