Тецуро Хосіно - молода безпритульна дитина, яка живе на вулиці. А все через те, що його мати була вбита графом Меха заради забави. У Тецуро є мрія: всупереч усьому, роздобути собі механічне тіло і помститися за смерть матері. Для цього йому потрібно обзавестися дорогим квитком на «Галактичний експрес 999» - космічний поїзд, який доставить його на планету, де можна безкоштовно отримати механічний корпус. Під час спроби вкрасти квиток поліція ледь не ловить хлопчика, але його рятує Майтель і пропонує йому квиток за умови, що він візьме його з собою в цю поїздку. Так і починається пригода Тецуро і Мейтеля на борту Галактичного експреса. Чи зможе Тецуро помститися вбивці своєї матері? Які цілі переслідує Матель, допомагаючи хлопчикові? І найголовніше, чи захоче Тецуро володіти механічним тілом після всіх пережитих пригод?