Злий граф Меха забрав життя матері маленького Тецуро. Вона загинула в нього на очах. Тецуро зростав у нетрях величезного міста плекаючи мрію помститися. Звісно, перед помстою йому потрібно хоча б зрівнятися силами з Мехою. Тому вже юний Тецуро ще більше мріє отримати квиток на Галактичний Експрес 999. Це загадковий космічний потяг, у кінці маршруту якого можна безкоштовно отримати роботизоване тіло – саме те, що потрібно йому для перемоги. Тецуро знайомиться з Мейтель, яка допомогає йому нарешті потрапити на омріяний потяг. Так починається пригода, яка змінить усе життя юного хлопця.