Минуло 2 роки з тих пір, як Мотоко Кусанагі покинула 9-й відділ. Новим керівником став Тогуса, розширивши штат кафедри до 20 оперативних працівників. Оновлений модельний ряд стикається з низкою дивних випадків, які приводять їх до висококласного хакера під ніком «Puppeteer». У розпал розслідування Бато протистоїть Мотоко. Йдучи, вона лише каже триматися подалі від Суцільнодержавного суспільства, суспільства, яке забезпечує стабільність держави. Бато залишається тільки здогадуватися, може, Мотоко - ляльковод? З кожним новим випадком відділення крок за кроком наближається до вирішення. Але хто такий ляльковод? Що буде з відносинами Бато і Мотоко? І яка правда стоїть за цими ретельно спланованими злочинами?