Хлопчик на ім'я Юкінарі рятує охоронця лісу Селебі від мисливця на покемонів, і він використовує свої сили, щоб перенести їх обох на 40 років у майбутнє. Розгубленого Юкінарі знаходять Сатоші, Касумі та Такеші, які, розібравшись у ситуації, допомагають йому дістатися до цілющого озера, щоб вилікувати пораненого Покемона. Незабаром на них нападає член Команди Ракета на прізвисько «Мародер у залізній масці», який має намір захопити Селебі та використати його, щоб захопити світ. Сатоші та його друзі повинні запобігти знищенню заповідного лісу та повернути Юкінарі в його часи.