У цьому світі є алхіміки - люди, які володіють мистецтвом алхімії, умінням маніпулювати матерією і перетворювати матерію. Всі вони обмежені основним законом алхімії: неможливо отримати щось алхімічним шляхом, не пожертвувавши чимось рівним отриманому. Тільки за допомогою легендарного філософського каменю, спосіб створення якого втрачено, можна обійти цей Закон. Головні герої, брати Едвард і Альфонс Елрік, страждали в дитинстві, намагаючись повернути до життя свою матір, яка померла від хвороби. Вони забули основний закон алхімії і заплатили за нього високу ціну: Альфонс втратив все тіло, а Едуард - руку і ногу. Едуарду вдалося врятувати тільки душу Альфонса, запечатавши її в стародавні обладунки. Через багато років Едуард здає державний іспит на звання алхіміка і отримує прізвисько «Сталевий алхімік». Брати починають подорож, щоб знайти філософський камінь і використовувати його, щоб повернути те, що було втрачено багато років тому.