Macross Zero розповідає історію пілота-винищувача, який бере участь у війні за об'єднання всього людства, що вибухнула після того, як інопланетний космічний корабель впав на Землю. Сін Кудо є одним з пілотів новоствореного загону Skull Squad, який складається з новітніх машин VF-0. Його винищувач зазнає аварії на тропічному острові, де люди живуть у тісній співпраці з природою. Тим часом у цих краях розгортається битва, результат якої має вирішити долю всієї війни.