Знову опинившись перед загрозою вимирання, тимчасову перемогу над гаунами вдалося здобути завдяки Цумугі та асу-пілоту Танікадзе Наґате. 10 років потому... Жителі Сідонії насолоджуються коротким перепочинком. Минають мирні дні, під час яких Цумуґі починає усвідомлювати свої почуття до Наґате, якого тепер вшановують як героя Сідонії. Однак, доки існують гауни, мир не може тривати довго. Рішення прийнято: остання битва, від якої залежить доля останніх вцілілих представників людства. Чи зможе екіпаж захистити тих, кого вони люблять, коли кінець наближається?