Наруто Узумакі був молодим, зухвалим шинобі, який був ходячим магнітом для неприємностей. Він пройшов довгий шлях, щоб досягти того, чого так шалено прагнув: стати Хокаге, найсильнішим ніндзя в Селі Листя, увічнивши себе в історії світу. Однак ця історія не про нього.
З тих пір пройшло багато часу, і світ дуже змінився. Разом з миром і спокоєм до Конохи прийшли сучасні технології — телебачення, хмарочоси, кондиціонери, потяги тощо. Однак шинобі нікуди не поділися, і їх життя теж сильно змінилося. Син сьомого Хокаге з Села Листя, Боруто записується в академію ніндзя, щоб навчитися способам шинобі. Він успадкував жорстокий, божевільний характер батька, але не має наміру йти по його стопах. Інші учні збираються затаврувати його «сином Хокаге», але хлопчик доведе всім, що це не так!
Боруто і його друзі повинні розслідувати серію загадкових подій, що відбуваються в селі. Немов вітер, що дме крізь листя, прокладає шлях до серця кожної людини – починається його історія!