У недалекому майбутньому раптовий і незрозумілий підйом рівня моря залишив більшу частину людської цивілізації під водою. Ікаруга Нацукі, хлопець, який кілька років тому втратив матір і ногу внаслідок нещасного випадку, повертається розчарованим із суворого життя у великому місті і знаходить свій старий сільський будинок, наполовину поглинутий морем. Залишившись без сім'ї, він має лише корабель і підводний човен, які залишила йому у спадок бабуся-океанолог, та її борги.