Історія починається з того, що хлопчик на ім'я Такуя отримує загадкове повідомлення на свій телефон. Прочитавши її, хлопчик відправляється на станцію, зазначену в тексті. Прибувши на місце, Такуя виявляється в дуже дивному місці, повному дітей і поїздів. Сидячи на одному з них, хлопчик разом з чотирма іншими людьми відправляється в Цифровий світ, який їм належить врятувати. По дорозі їм доведеться відшукати духів, за допомогою яких друзі можуть перетворитися в легендарних дігімонів. Однак вороги вже знають, що вони прибули і найголовніший з них - Херувимон - готовий на все, аби перешкодити їм знайти духів.