«Капітан Цубаса» — це пристрасна історія учня початкової школи, чиї думки та мрії майже повністю обертаються навколо любові до футболу. 11-річний Цубаса Ооозора почав грати у футбол у дуже ранньому віці, і хоча це був здебільшого просто розважальний вид спорту для його друзів, для нього це перетворилося на щось на кшталт одержимості. Щоб здійснити свою мрію в міру своїх здібностей у початковій школі, Цубаса переїжджає зі своєю матір'ю до міста Нанкацу, яке добре відоме своїми чудовими футбольними командами початкової школи. Але хоча він легко був найкращим у своєму старому місті, у Нанкацу набагато більше конкуренції, і йому знадобляться всі свої навички та талант, щоб виділитися з цього нового натовпу. Він зустрічає не тільки суперників, але й нових друзів, таких як симпатична дівчина Санае Накадзава та талановитий воротар Гензо Вакабаясі, який поділяє ту ж пристрасть, що й Цубаса, і виявиться цінним другом, допомагаючи йому рухатися до своїх мрій. Представляти Японію на чемпіонаті світу з футболу – це межа мрія Цубаси, але для її досягнення знадобиться набагато більше, ніж талант.