Минула тисяча років з тих пір, як Сонячна система була зруйнована невідомою расою Гауни. Це гігантські, практично невразливі істоти, які не володіють розумом. Уціліле населення Землі врятувалося від Сонячної системи на космічному кораблі «Сидонія», що дозволило зберегти людський рід. Подорожуючи в космосі і рятуючись від переслідування інопланетних істот, люди навчилися будувати пілотовані механізми для свого захисту. Все життя Нагата Таніказе пройшло в ізоляції на космічному кораблі. Після відкриття у нього помітили талант керувати бойовими механізмами, і він почав вчитися пілотуванню. Тепер він і його колеги-пілоти ведуть важку і небезпечну війну проти Гауна, борючись за виживання людства.