2015 рік. Магія досі панує у світі. Щоб зберегти своєрідну людяність, вона побудувала наукову лабораторію під назвою «Халдея». Суть його існування полягала в спостереженні за світом за допомогою самої магії і досягнень людства. Завдяки зусиллям вчених було підтверджено, що людству залишилося жити ще як мінімум 100 років. Однак «Халдея» зафіксувала якусь аномалію, в результаті якої спостережуваний лабораторією регіон майбутнього раптово зник. Всі ці події призвели до паніки, і вчені почали вивчати дані. Виявилося, що в місті Фуюкі в 2004 році існувала місцевість, яка жодного разу за всю історію існування «Халдеї» не потрапляла в поле її зору. Вимирання людства було підтверджено і в 2017 році. На підставі отриманих даних Халдея приймає рішення скористатися програмою Reishift. Сенс полягає в тому, щоб відправити в минуле групу спеціально навчених людей (Майстрів) для усунення аномалії. Однак в лабораторії відбувається вибух, і всі Майстри знаходяться в критичному стані. Одному з них, Ріцука Фудзімару, все ж вдається потрапити в минуле, де розгорнулася легендарна війна за Святий Грааль. Тепер йому належить з'ясувати, що сталося насправді, і по можливості усунути загрозу.