Минуло два роки з моменту закінчення війни між ДСП та Координаторами. У світі встановився хиткий мир і рівновагу, які, однак, не влаштовують ні те, ні інше. Щоб відновити конфлікт, група координаторів відправляє колонію Юнія 7 на Землю, сподіваючись, що її падіння знищить практично все населення Землі. Колонія підривається силами ZAFT, але її уламки завдають величезної шкоди поверхні планети, і війна розгорається з новою силою. Головні герої змушені знову взятися за зброю, щоб врятувати світ, яким вони так дорожать.