Ця історія розповідає історію молодої людини Такаші Нацуме (夏目貴志), який успадкував здатність бачити духів від своєї бабусі Рейко Нацуме. Від чого, втім, він зовсім не в захваті - адже все життя духи доставляли йому тільки неприємності. Але все змінюється, коли Нацуме знаходить «Зошит дружби», що належить його бабусі. Тепер він розуміє, чому все життя його дошкуляли духи, як добрі, так і злі. Зрозумівши, що таке Записка дружби насправді, Нацуме разом зі своїм охоронцем, могутнім духом Мадарою (斑), починає звільняти інших духів від їх контракту з Рейко.