Такаші Нацуме бачить те, чого не помічають звичайні люди: привидів, богів та демонів. І ця здатність геть не полегшує життя юнакові. З самого дитинства Нацуме був "не такий, як усі": «розповідав нісенітниці», «лякався на пустому місці»... Подорослішавши, він навчився нічого нікому не розповідати і не лякатися (принаймні при оточуючих), але таким, як усі, він все одно не став. Після чергового переїзду (Нацуме переїхав до тої місцевості, де жила його померла бабуся), духи стали активніше переслідувати його і навіть нападати. Нацуме дізнається, що вони полюють на загадкову «Книгу друзів», яку вела його бабуся, записуючи туди імена переможеної нею нечисті. Так Такаші приймає спадщину і вирішує вчинити із спадком бабусі Рейко по-своєму...