Через три роки з моменту повернення легендарного космічного лінкора «Ямато» Земля почала перебудовуватися і уклала мир з Гаміланами. Однак це відновлення відбувається за рахунок використання забороненої технології Wave Motion. Тим часом горезвісні колишні члени екіпажу «Ямато», які розійшлися своїми шляхами, отримують психічне послання від таємничої богині Терези. Вона закликає їх повернутися на улюблений корабель і вирушити на далеку планету Терезарт. Їм обіцяють революційну силу для боротьби з безпрецедентною загрозою з боку невблаганної Імперії Гатлантіс, яка наближається до Землі з усіма, крім невинних намірів. Не в змозі чинити опір її благанню, екіпаж знову збирається і вирушає в чергову небезпечну міжгалактичну подорож, яка перевірить їхню мужність і універсальність перед обличчям ще більшого ворога. [Написано MAL Rewrite]