Після завершення Хакуукі, Чізуру Юкімура і Сінсенгумі змушені тікати з Кіото і відплисти до Едо. За відсутності їхнього командира Ісамі Конду, заступник командира Тосідзу Хідзіката вступає в обов'язки виконуючого обов'язки командира. Однак Хідзіката бореться не тільки з додатковими обов'язками лідера, що турбує всіх навколо, але й з новою неконтрольованою жагою крові. Що ще гірше, це бажання зачіпає не тільки його, і навіть починає зводити з розуму деяких його підлеглих.
Нарешті, Кондоу повертається з наказом від імператора захищати замок і новою назвою для їхнього загону: Коую Чінбутай. Але під час війни баланс сил може раптово змінитися, а вірність може похитнутися. У Hakuouki Hekketsuroku Чізуру слідує за Сінсенгумі в саме серце війни та продовжує пошуки свого зниклого батька, тоді як зв'язок між нею та Хідзікатою стає дедалі міцнішим.
[Написано MAL Rewrite]