Після того, як Макото Наеґі та його товариші, що вижили, втекли з старшої школи Пік Надії у потойбічний світ, вони незабаром приєднуються до Фонду Майбутнього, організації, яка займається боротьбою з відчаєм. Саме тоді, коли здається, що все йде вгору, Наеґі заарештовують і судять за зраду через захист зловмисної групи Залишків Відчаю. Стоячи перед усіма керівниками Фонду Майбутнього, він опиняється разом із Кьоко Кірігірі та Аой Асахіною перед невідомим. Справа загострюється, коли непробивну безпеку організації зламує знайоме обличчя: Монокума. На превеликий жах Наеґі, механічний ведмідь негайно оголошує про початок нової гри на вбивство, оскільки через кілька хвилин з'являється перша жертва як сигнал до відчаю, щоб відновити своє жорстоке завоювання. Наеґі, суперщасливчик старшої школи, повинен знову розгадати таємницю, коли його колеги та друзі починають втрачати надію. Однак класових випробувань більше немає; Серед 16 відчайдушних учасників є лише один вбивця — і їхня смерть означає кінець цієї пекельної гри.