Цей аніме-серіал, на відміну від свого попередника в 2006 році, заснований на альтернативному корені однойменного візуального роману. Старшокласник Широ Емія мимоволі стає учасником війни Святого Грааля, яка проходить в японському місті Фуюкі кожні 60 років. Це боротьба семи магів за володіння легендарним артефактом - Святим Граалем, який виконає будь-яке бажання переможця і тим самим змінить його долю. Кожен маг, з того моменту, як починає брати участь у війні, викликає слугу - одну з великих героїчних душ минулого або майбутнього, що бореться на боці свого господаря. Битва ведеться до тих пір, поки не залишиться тільки один господар зі своїм слугою. Широ Емія випадково викликає Сейбер, слугу, яка поставила собі за мету дістатися до Грааля будь-якими способами. Однак він не хоче брати участь в битві, так як втратив всю свою сім'ю в минулій війні. Емія починає допомагати Рін Тосака - сильному магу, який навчається в тій же школі, що і Широ. Але правила війни Святого Грааля вказують на те, що рано чи пізно їм доведеться воювати між собою ...