Світ дуелей еволюціонував, і став піком розваг для жителів Нео-Доміно Сіті. У них грають на D-колесах, гібриді між Дуельними дисками і мотоциклами. Після того, як механічно вправний Юсей Фудо зумів побудувати власне D-колесо, його колишній друг Джек Атлас вкрав його разом із найкращою картою Юсея, Драконом Зоряного пилу. Покинувши їхнє старе рідне місто Сателіт, він втік до Нео-Доміно Сіті. За два роки, що минули з того часу, Джек піднявся на вершину дуельного світу, а Юсей готувався завдяки допомозі своїх друзів. Закінчивши своє нове D-колесо, він вирушає до Нео-Доміно Сіті, щоб знайти Джека. Ніхто з них не підозрює, що на карту поставлено набагато більші речі, ніж вони можуть собі уявити, коли таємничі ляльководи смикають за ниточки з тіней.