Фільм розповідає про події, що відбулися з лейтенантом Джеймсом Вегою в 2185 році, після знищення першої «Нормандії» і зникнення капітана Шепарда. У системах Термінус людські колонії безслідно зникають. Після провалу Государя з'явилися нові вороги. Коли над колонією, яку охороняє Вега, нависає загроза, лейтенанту доведеться рятувати свій будинок, не чекаючи підкріплення, покладаючись тільки на себе і свою команду, як це завжди робив його герой, капітан Шепард. Джеймс дізнається цінність кожного рішення і розуміє, що іноді немає правильного вибору, є лише помилки, з якими потрібно жити.