Сакакі, лідер команди R, знаходить втік Мьюдва в одному з віддалених районів регіону Джохто і збирається знову зловити його, викравши і використовуючи своїх підопічних, клонів покемонів, як приманку. В цей час Сатосі і його друзі потрапляють в полон до нового члена команди «R» - Доміно. Починається битва за життя, в ході якої Мьютво доведеться зрозуміти, чи є у покемонів, створених за допомогою науки, мета в житті.