Дія відбувається у 2027 році, через рік після закінчення неядерної війни. Ньюпорт-Сіті продовжує оговтуватися від війни, коли його раптово бомбардують самохідними мінами. При цьому з'ясовується, що військового чиновника, причетного до справи про хабарі та продаж зброї, розстріляли. Під час розслідування керівник відділу громадської безпеки Дайсуке Арамакі стикається з Мотоко Кусанагі, якого призначили до 501-ї секретної дивізії. Бату підозрює, що Кусанагі, який не постраждав під час бомбардування, причетний до нещодавніх подій. Детектив поліції префектури Тогуса розслідує дві справи про вбивства. З іншого боку, Мотоко перебуває під постійним наглядом керівника 501-ї секретної дивізії Куруцу та агентів-кіборгів.