Інопланетяни Гауна становлять страшну загрозу для людства. Змушені шукати новий будинок, переслідувані страшними ворогами, люди вирушили в космос на кораблі «Сідонія». Хоча лицарям-лоцманам вдається захистити корабель, це лише тимчасово. Нагат Таніказе, один з кращих пілотів, прекрасно знає, що інопланетяни потихеньку беруть гору. Товаришів вбивають, а нову зброю швидко відбивають. Якщо нічого не робити, ворог переможе. Безвихідні ситуації вимагають відчайдушних дій. Військові та вчені створюють химеру, засновану на забутих знаннях. Її звуть Цумугі Сіраві. Істота з тілом Гауна і людською особистістю тепер допомагає в складних сутичках, але не всі це схвалюють. Так чи інакше, на шляху до нового будинку землян ще багато перешкод.