Найближче майбутнє, Японія, 2035 рік. Вибух став масштабним інцидентом, викликаним вивченням штучних організмів, що призвело до прориву одного з них, пізніше названого Materia, з дослідницького центру і його поширення по всій ущелині Куробе. Через це уряд відмовив у доступі до цілого дослідницького міста, раніше проголошеного надією всього людства.
Через два роки п'ятнадцятирічна Айко Тачібана, яка втратила всю свою сім'ю під час вибуху, дізнається від переведеної студентки Юї Кандзакі неймовірну правду про інцидент і таємницю, приховану в її власному тілі. Решта цієї головоломки знаходиться в Первинній точці, епіцентрі Вибуху. Тому Айко разом з Юєю в якості гіда і в супроводі команди дайверів - людей в спеціальних органічних костюмах, які виконують місії на території, поглиненої Матерією, - відправляється вглиб забороненої зони, щоб дізнатися всю правду.