У 2035 році на японському дослідницькому об'єкті стається інцидент, відомий як «Прорив», що призводить до появи «Матерії», яка швидко розширюється, поглинає та самовідтворюється. Прокладаючи собі шлях крізь залишки дамб і військових об'єктів в ущелині Куробе, «Матерія» потрапляє під напади спецпідрозділів, які намагаються не дати їй досягти океану, і найманців, які шукають правду про її сутність.