Тренер Покемонів Кента зустрічається зі своєю давньою подругою Мариною в Центрі Покемонів. Хлопці влаштовують бій, щоб з'ясувати, наскільки сильнішими вони стали з моменту останньої зустрічі, але поєдинок перериває гроза, що раптово почалася. З'ясовується, що за цим стоять члени Команди Ракета, Басьо та Бусон, які використовують так звану систему "Crystal", яка приваблює всіх Покемонів електричного типу. Їхня мета – захопити легендарного Громового Покемона Raiko та доставити його доктору Ширануї для подальших жорстоких експериментів. Чи зможуть протагоністи протистояти зловмисникам?