Сатоші, Касумі та Такеші опиняються в столиці води Альтомарі. Тут випадково вони зустрічають Латіаса та Латіоса – Покемонів-хранителів скарбу Heart Drop, про існування яких у місті ходять легенди. Всесвітньо відомі злодії Заннер і Ліон прагнуть заволодіти таємничим артефактом, і їх дії загрожують стерти Альтомар з лиця землі.