У розпал війни між Гетеросексуалами (OMNI) та Координаторами (ZAFT) боєць-координатор відправляється за мобільною бронею, нещодавно виготовленою Земним Альянсом у колонії Прямий Геліополіс. Громадський координатор Кіра Ямато навчається в Геліопольському технічному коледжі. Коли ZAFT силоміць забирає чотири з п'яти мобільних бронь, Кіра натикається на решту, Strike, і змушена пілотувати її, щоб врятувати своє життя та життя своїх друзів. Під час переполоху Кіра також зустрічається зі своїм другом дитинства Асураном Зала, який, за іронією долі, виявляється солдатом ZAFT і одним із рейдерів, що діють у Геліополісі. Пілотуючи Страйк, Кіра приєднується до Земного Альянсу на борту корабля під назвою Архангел в надії, що він зможе захистити своїх друзів, хоча сам він залишається пригніченим через те, що йому доведеться битися проти старого друга та інших людей, колись близьких йому.