«Хроніки урагану» продовжують історію пригод юного ніндзя Наруто Узумакі і його друзів. Минуло три роки з початку серіалу, герої дорослішають, набираються життєвого досвіду і вдосконалюють свою майстерність. Наруто повертається до села прихованого листя, і команда раніше складалася з нього, Саске та реформ Сакури. Місце Саске в ньому займає молодий ніндзя на ім'я Сай, і разом вони беруть ім'я «Команда Какаші». Але безхмарне життя триває недовго. У Конохі знову спалахують старі чвари, що залишилися від першого Хокаге. Вождь Акацукі мріє про світове панування, а в Піщаному селі спливають старі таємниці. Незабаром весь світ чекають серйозні випробування і сильні потрясіння.