1. «Останній політ Осіріса» (англ. Final Flight of the Osiris) Екіпаж науково-дослідного корабля «Осіріс» виявляє армію вторгнення. Поки один з членів команди проникає в Матрицю, щоб доставити попередження, інші відчайдушно намагаються приділити їй достатньо часу, борючись з натиском роботів-охоронців... 2-3. «Друге Відродження» Люди намагаються створити ідеальний ШІ (штучний інтелект), який би не поступався людині. Але у відносинах між людьми і машинами виникають розбіжності, в результаті від протестів роботів і створення власної держави конфлікт скочується у війну. Люди використовують кліматичну зброю, щоб покрити небо хмарами, позбавляючи роботів їх основного джерела живлення. Але роботи знаходять інше джерело влади - людей. Зрештою, люди програють цю війну, стаючи «живими батареями», що потрапили в пастку Матриці ... 4. «Дитяча історія» Один підліток, прокинувшись від ультрареалістичного сну, розуміє, що все навколо нього - це простір, породжене Матрицею, а реальність - це те, що він побачив уві сні. За ним починають полювати люди, одягнені в однакові костюми. Він намагається втекти, скориставшись допомогою Нео. 5. "Програма" Дія епізоду відбувається в симуляції головної героїні Сіс, виконаної в середньовічному японському стилі. 6. «Світовий рекорд» Під час найважливішої для спортсмена гонки він перенапружується, отримує травму, але продовжує бігти, докладаючи нелюдських зусиль. Це позначається на його фізичному стані, з'являється загроза, що він прокинеться в реальному світі. Агенти, які оволоділи іншими спортсменами, намагаються його наздогнати, але не можуть. Ден прокидається в капсулі і бачить робота-збирача. Він перетинає фінішну лінію в «Матриці» з неймовірним результатом, але додаткова травма, отримана на фініші, позбавляє його деяких рухових функцій, тому після цього він все одно залишився живий Агентами. Однак, перебуваючи в інвалідному візку, Ден вирішує стати вільним і намагається подолати Матрицю і встати на ноги... 7. «За межами» Під час пошуків своєї зниклої кішки дівчинка знаходить дивний будинок і компанію дітей, що грають в ньому. У цьому будинку спотворюється гравітація і відбуваються інші дивні речі. Тим часом Матриця зауважує «помилку візуалізації» в локації зі старим будинком, і туди відправляється загін зачистки... 8. «Детектив» Історія починається зі сцени в поїзді. Чоловік, одягнений в дусі детективних нуарних романів, в зім'ятий плащ і без капелюха, запалює сигарету, наводячи на когось пістолет. Ця людина - Еш, приватний детектив. Далі йде передісторія, яка розповідає про його наступну роботу з пошуку таємничого хакера Трініті. Слідуючи отриманим підказкам, він потрапляє в поїзд, де з'ясовується, що підійшов занадто близько до таємниць Матриці, і через нього Агенти намагаються захопити Трініті. Еш розуміє, що Трініті - це його шанс розібратися, що відбувається. Однак за ними вже відправлені агенти - люди в чорних окулярах, строго одягнені і з тими ж пістолетами. Відбиваючись від них, сам Еш мало не перетворюється в одного з них, а Трініті вирішує, що йому «не вдалося». Вона стріляє в нього і збирається піти. Але після цього детектив каже їй, що хотів би піти з нею. Він звинувачує себе в тому, що не зміг пройти випробування. Трійця відповідає, що «тест і вибір - це не одне і те ж». Трініті зникає, вистрибуючи з поїзда через розбите вікно, а в машину вбігають Агенти - люди в чорному, які шукають Трініті і Еша. Останні кадри епізоду повторюють його самий початок. Еш наводить пістолет на агентів і оглядає їх. 9. «Зарахований» Сюжет розгортається в далекому майбутньому, під час війни між людьми і машинами. Головний герой - модель робота «Бігун», яка виявилася однією з перших серед машин, підключених до Матриці.