Одержимий ідеєю помсти Королю ігор, Сето Кайба починає розкопки в Єгипті, щоб знайти фрагменти Головоломки тисячоліття, яка колись зберегла дух «двійника Юґі». Однак таємничий чоловік у плащі викрадає дві частини Головоломки і зникає, перш ніж її встигають реконструювати. Тим часом на останньому році старшої школи, Юґі Муто та його друзі планують своє майбутнє, не підозрюючи про небезпеку, що підстерігає поруч. Фільм розповідає історію про мстиві сили, які спотворюють реальність так, як їм заманеться. Чи зможуть Сето і Юґі подолати свою неприязнь один до одного і врятувати світ, чи жадібність самого Сето візьме гору над ним?