У 2015 році на Землю знову нападають Ангели, таємничі істоти гігантських розмірів і нищівної сили. Єдиною надією на порятунок людства є Євангеліони (скорочено Єва), людиноподібні бойові машини, розроблені Нервом, спеціальним відділом ООН. Єва здатна відбивати атаки Ангелів, але є одна особливість - керувати роботами може обмежена кількість людей. Лише жменька підлітків, народжених чотирнадцять років тому, через дев'ять місяців після першої появи Ангелів, може контролювати Єву. Одним з них є Сіндзі Ікарі, батько якого є главою Нерва. Втягнутий у вир битв і подій, які він не розуміє, Шінджі змушений проникати в глибини власного внутрішнього світу, щоб знайти в собі сили і мужність не тільки для бою, але і для виживання, інакше він ризикує втратити все.