Ангели продовжують свої безперервні атаки, і в Нерві з'являються два нових пілота: пілот полеглих в першій битві Марі Іллустріс Макінамі і пілот ], а пізніше Асука Ленглі Шикінамі. В цей же час Гендо Ікарі і Сіле приступають до проекту вдосконалення людства, в якому беруть участь Рей і Шінджі і таємничий хлопчик Каору Наґіса.