Після закінчення Другої світової війни в Японії було створено агентство по боротьбі з тероризмом і екстремізмом в Тихоокеанському регіоні. Це серйозне завдання, тому впоратися з нею могли тільки професіонали. Кого Японія могла найняти для цієї організації? Звичайно ж, ніндзя! Спочатку агентство діяло тільки на території країни, але з часом зона відповідальності розрослася до масштабів світу, і ніндзя почав займатися міжнародними справами, а кількість співробітників досягла двадцяти тисяч. Одним з них став Куро Кумогакуре, сімнадцятирічний невдаха, який був готовий стати повноцінною ланкою в ланцюжку захисників, що захищають країну від нападів іноземних злочинців! Звучить вражаюче, але Куро ще старшокласник, тому він влаштувався лише на підробіток в агентство і доведеться поєднувати роботу з навчанням та іншими нудними побутовими проблемами.