Залишившись без своїх Євангеліонів після Четвертого Удару, Шінджі, Асука і Рей знаходять притулок в одному з рідкісних вогнищ людства, які все ще існують на напівзруйнованій Землі. Там кожен з них живе своїм життям, зовсім не таким, як у них, коли вони були пілотами Єви. Однак небезпека для світу не минула. На горизонті маячить новий Удар - той, який виявиться справжнім кінцем Євангеліона. Нарешті запущений проект з оздоровлення людства, і тепер Вілле належить фінальна виснажлива боротьба, щоб не допустити останнього удару.